Est-ce le Guichet unique du Permis de Construire qui instruit les dossiers de demande de permis de construire ?

Oui.

Les dossiers de demande de permis de construire sont instruits par le Guichet unique du Permis de Construire suivant une procédure déterminée par décret sur proposition du ministre chargé de la Construction.

Article 16 de la loi n° 2019-576 du 26 juin 2019 instituant le Code de la construction et de l’habitat